Hochschulpartnerschaften sind für die Universität Potsdam ein wichtiger Baustein der internationalen Profilbildung. Im Rahmen dieser durch das Präsidium getragenen Partnerschaften werden Aktivitäten in der gesamten Breite universitären Arbeitens unterstützt. Neben der Entwicklung von studienbezogenen Austauschprogrammen, gemeinsamen Promotionen oder Forschungsprojekten können sich, je nach Vertragsgestaltung, auch wissenschaftsunterstützende Bereiche mit eigenen partnerschaftlichen Aktivitäten beteiligen. Die Partnerschaften sind in der Regel so angelegt, dass verschiedene Fakultäten, Institute oder Departments an Kooperationsprojekten arbeiten.
Ergänzend zu den Hochschulpartnerschaften macht die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät von der Möglichkeit Gebrauch, eigene Fakultätspartnerschaften einzugehen.