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High Performance Computing (HPC)

Source: ZIM

Das ZIM betreibt einen Compute-Server für Hochleistungsrechnen (High Performance Computing, HPC) für die UP und unterstützt Angehörige der UP bei der Nutzung des Supercomputer-Systems des Norddeutschen Verbundes für Hoch- und Höchstleistungsrechnen (HLNR)

Der UP-eigene Compute-Server ist unter dem Hostnamen "orson2b.rz.uni-potsdam.de" erreichbar. Es handelt sich um einen Cluster aus

  • einem Head-Node,
  • zwei Fileserver-Knoten und
  • 12 Rechenknoten mit 8-72 CPU-Kernen und RAM zwischen 64GB und 1TB.

Alle Knoten sind über ein schnelles Infiniband-Netzwerk miteinander verbunden.

Als Betriebssystem kommt Scientifc Linux zum Einsatz.

Es gibt verteilte Filesysteme, genauer

  • ein getrenntes Filesystem für die Nutzerverzeichnisse ("/users", 1 TByte) und
  • ein Filesysteme als schneller Zwischenspeicher für kleine bis mittlere Datenmengen ("/mnt/scratch", 10 TByte SSD) und
  • ein Filesystem für die Zwischenspeicherung von großen Datenmengen ("/mnt/largescratch", 50 TB).

Diese Filesysteme sind von den Head-Nodes und allen Rechenknoten erreichbar. Die Daten auf den scratch-Filesystemen werden nicht von uns gesichert, die Nutzer sind also selbst dafür verantwortlich, längerfristig benötigte Daten von dort zu sichern.

Auf jedem Rechenknoten existiert darüber hinaus ein lokales Verzeichnis für temporäre Dateien ("/var/tmp"), wenn möglich, sollten temporäre Daten dort abgelegt werden.

Die Verteilung der Rechenjobs auf die Knoten erfolgt durch das Jobsystem "Torque" auf dem Head-Nodes. Der direkte Zugriff der Nutzerinnen und Nutzer auf die Rechenknoten ist nicht nötig und auch nicht gestattet.

Source: ZIM

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