Aktuelle Lehrveranstaltungen
Universität Potsdam - Institut für Biochemie und Biologie- AG Bioinformatics - Studium und Lehre - Lehrveranstaltungen
Wintersemester 2023/2024
(Zeit- und Raumangaben unter Vorbehalt)
Für alle Lehrveranstaltungen benötigen Sie eine Nutzerberechtigung für die Computer Pools in Haus 25.
Antragsformular: http://www.chem.uni-potsdam.de/pools/Studierende/studierende.html
Die Lehrveranstaltungen werden auf dem E-Learning-Server der Universität (Moodle.UP) begleitet.
Lehrveranstaltungen Master Bioinformatics
Algorithmic and Mathematical Bioinformatics (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (Z Nikoloski, M Habibpourfatideh)
Termine: Mo. 10:15-13:45
Ort: NN
Introduction to databases and practical programming (6 LP, bridge module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) , MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (D. Groth)
Termine: Fr. 8:15-11:45 (D. Groth)
Ort: NN
Statistical Bioinformatics (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (D Groth, D Walther)
Termine: Mi. 10:15-13:45
Ort: NN
Constraint-based Modeling of Cellular Networks (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) und MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Vorlesung: Constraint-based Modeling of Cellular Networks
Modulteile: Vorlesung und Übung ( Z Razaghi-Moghadam, A Küken, Z Nikoloski)
Termin: Do. 10:15-15:45
Ort: NN
BIO-MBIW02 - Advanced methods for Analysis of Biochemical networks
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) und MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Vorlesung: Constraint-based Modeling of Cellular Networks
Modulteile: Vorlesung und Übung ( Z Razaghi-Moghadam, A Mbebi, Z Nikoloski)
Termin: NN (V)
NN (Ü)
Ort: NN
Quantitative Genetics (6 LP)
Zielgruppe: MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (M Lenhard, Z Nikoloski, H Tong)
Termine: Mi. 12:15-15:45
Ort: NN
Sommersemester 2023
Lehrveranstaltungen Master Bioinformatics
(Zeit- und Raumangaben unter Vorbehalt)
Für alle Lehrveranstaltungen benötigen Sie eine Nutzerberechtigung für die Computer Pools in Haus 25.
Antragsformular: http://www.chem.uni-potsdam.de/pools/Studierende/studierende.html
Die Lehrveranstaltungen werden auf dem E-Learning-Server der Universität (Moodle.UP) begleitet.
BIO-MBIP04 - Analysis of Cellular Networks (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, S Hashemi Ranjbar)
Termin: Mo. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B2.01 (V) / 2.25.D2.01 (Ü)
MAT-MBIP05 - Introduction to Theoretical Systems Biology (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (N Hartung, C Moris)
Termin/Ort: Mi. 08:15-09:45 Uhr, 2.05.1.06 (V)
Mo. 14:15-15:45 Uhr, 2.05.1.06 (Ü)
BIO-MBIB03 - Programming expertise (6 LP, mandatory bridge module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, C Kappel)
Termin: Do. 08:15-11:45 Uhr
Ort: 2.70.0.01 (V) / 2.70.0.01 (Ü)
This is a bridge course for Master Bioinformatics. Students of Master Biochemistry and Molecular Biology can take this course as well as elective course. However the course Databases and Practical Programming in Winter Semester might be an better alternative for these students. Lectures and exercises will be given in presence but E-learning course with video materials and PDF files of the lecture slides and exercises could be supported as well with some limitations. The first six sessions on C programming, therafter we will learn C++ based on the modern standards for the C++ language. No prior programming knowledge might be required, although it is helpful.
BIO-MBIW01 - Data Integration in Cellular Networks (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, M Arend, P Wendering)
Termin: Do. 12:15-15:45 Uhr
Ort: 2.25.B2.01 (V) / 2.25.D2.01 (Ü)
BIO-MBIW05 - Structural Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Walther)
Termin: Di. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B2.01 (V) / 2.25.D2.01 (Ü)
BIO-MBIW06 - Machine Learning in Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (D Groth, D Walther)
Termin: Mi. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.70.0.01 (V/Ü)
Lecture takes place in presence but self-learning with video materials and PDF files of the lecture slides will be as well possible. Exercise will be done in the PC pools, E-Learning might be as well available here with limitations. You need for this course good knowledge in statistics and(!) R programming. Python might work as well. Please un-register if you have not yet completed these courses or if you have do no not have sufficient knowledge in R and statistics yet. Students in master Biochemistry and Molecular Biology (BAM) for instance can take this course after successful completion of Practical Bioinformatics in Summer semester or taking Statistical Bioinformatics as elective course in Winter semester.
Lehrveranstaltungen Master Biochemistry and Molecular Biology
BIO-B-KM2 - Practical Bioinformatics (6 LP)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, M Habibpourfatideh)
Termin: Do. 14:15-17:45 Uhr
Ort: 2.70.0.01 (V), 2.70.0.01 (Ü)
Lecture and Exercises take place in presence but E-learning for Lectures and Exercise course with video materials and PDF files of the lecture slides and exercises might be as well possible with a few limitations.
Literature:
* https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.pdf
* https://waveland.com/Glover-Mitchell/r-guide.pdf
* https://www.ics.uci.edu/~babaks/BWR/Home.html
BIO-B-WM15 - Programming with R (3 LP, bzw. 6 LP mit Projektarbeit)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester) , PhD-Students IBB
Modulteile: V/Ü (D. Groth)
Termin: Mi. 14:15-15:45 Uhr + Blockveranstaltung: 4 Tage, 25.9-28.9.2023, 12- 16 Uhr.
Ort: 2.25.B2.01 (V) / 2.25.D2.01 (Ü)
Kurs für Masterstudenten Biochemie und Molekularbiologie sowie für Doktoranden und Postdocs des IBB.
Informationen: dgroth(at)uni-potsdam(punkt)de, bzw. Telefon: +49(0)0331-977 2706
Elective course Master Biochemistry and Molecular Biology. No programming knowledge is required. We learn R as a general purpose programming language without doing statistics.
This course will take place on a weekly schedule and then for the practical part as a block course end of September, 25.-28.9.
The lecture will take place in presence but video materials and PDF files of the lecture slides will pre provided as well. For the practical part you can use the computer pool PC's but as well your own notebook with an installed R.
Sommersemester 2022
(Zeit- und Raumangaben unter Vorbehalt)
Für alle Lehrveranstaltungen benötigen Sie eine Nutzerberechtigung für die Computer Pools in Haus 25.
Antragsformular: http://www.chem.uni-potsdam.de/pools/Studierende/studierende.html
Die Lehrveranstaltungen werden auf dem E-Learning-Server der Universität (Moodle.UP) begleitet.
Lehrveranstaltungen Master Bioinformatics
Analysis of Cellular Networks (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, S Hashemi Ranjbar)
Termin: Mo. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B2.01 (V) / 2.25.D2.01 (Ü)
Introduction to Theoretical Systems Biology (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (W Huisinga, D Seeler)
Termin/Ort: Mi. 08:15-09:45 Uhr, 2.05.1.06 (V)
Mo. 14:15-15:45 Uhr, 2.05.1.06 (Ü)
NOTE: The first lecture (April 20th) will be delivered online via Zoom. Please subscribe to the Moodle course page for login information. Thereafter, all lectures/exercises will take place on-site.
Programming Expertise (6 LP, mandatory bridge module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, C Kappel)
Termin: Do. 08:15-11:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 (V) / 2.25.D0.01 (Ü)
Lectures and exercises will be given in presence but E-learning course with video materials and PDF files of the lecture slides and exercises could be supported as well with some limitations.
Data Integration in Cellular Networks (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, M Arend, P Wendering)
Termin: Do. 12:15-15:45 Uhr
Ort: 2.25.B2.01 (V) / 2.25.D2.01 (Ü)
Structural Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Walther)
Termin: Di. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B2.01 (V) / 2.25.D2.01 (Ü)
Machine Learning in Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (D Groth, D Walther)
Termin: Mi. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 und D0.01 (V/Ü)
Lehrveranstaltungen Master Biochemistry and Molecular Biology
Practical Bioinformatics (6 LP)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, P Wendering)
Termin: Do. 14:15-16:30 Uhr
Ort: 2.25.F0.01 (V), CIP-Pools H25 (Ü)
Programming with R (3 LP, bzw. 6 LP mit Projektarbeit)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester) , PhD-Students IBB
Modulteile: V/Ü (D. Groth)
Termin/Ort: September 2022
Kurs für Masterstudenten Biochemie und Molekularbiologie sowie für Doktoranden und Postdocs des IBB.
Informationen: dgroth(at)uni-potsdam(punkt)de, bzw. Telefon: +49(0)0331-977 2706
Wintersemester 2021/2022
All Lectures were switched to online courses using Zoom!
(Zeit- und Raumangaben unter Vorbehalt)
Für alle Lehrveranstaltungen benötigen Sie eine Nutzerberechtigung für die Computer Pools in Haus 25.
Antragsformular: https://www.chem.uni-potsdam.de/groups/pools/Studierende/studierende.html
Die Lehrveranstaltungen werden auf dem E-Learning-Server der Universität (Moodle.UP) begleitet.
Lehrveranstaltungen Master Bioinformatics
Algorithmic and Mathematical Bioinformatics (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (Z Nikoloski)
Termine: Mo. 10:15-13:45
Ort: Online
Introduction to databases and practical programming (6 LP, bridge module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) , MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (D. Groth)
Termine: Fr. 8:15-11:45 (D. Groth)
Ort: Online
Statistical Bioinformatics (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (D Groth, D Walther)
Termine: Mi. 10:15-13:45
Ort: Online
Constraint-based Modeling of Cellular Networks (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) und MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Vorlesung: Constraint-based Modeling of Cellular Networks
Modulteile: Vorlesung und Übung ( Z Razaghi-Moghadam, Z. Nikoloski)
Termin: Di. 10:15-15:45
Ort: Online
Bioinformatics of Biological Sequences (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) , MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (S Hartmann)
Termine: Di. 8:15-11:45 (S Hartmann)
Ort: Online
State of the Art in Biochemistry and Molecular Biology (6 LP, bridge module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) , MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Ringvorlesung (M Grebe, B Müller-Röber uvm.)
Termine: Mi. 16:15-17:45 , Do. 16:15-17:45, Fr. 14:15-16:45 (M Grebe, B Müller-Röber uvm.)
Ort: Mi. + Fr. :Online, Do.: gr. Chemie-Hörsaal 2.27
Quantitative Genetics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (M Lenhard, Z Nikoloski)
Termine: Mi. 12:15-15:45
Ort: Online
Bioimage Analysis and Extended Phenotyping (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung, Übung + Block(C Kappel)
Termine: Fr. 9:15-11:45
Ort: Online
Sommersemester 2021
All Lectures were switched to online courses using Zoom!
(Zeit- und Raumangaben unter Vorbehalt)
Für alle Lehrveranstaltungen benötigen Sie eine Nutzerberechtigung für die Computer Pools in Haus 25.
Antragsformular: http://www.chem.uni-potsdam.de/pools/Studierende/studierende.html
Die Lehrveranstaltungen werden auf dem E-Learning-Server der Universität begleitet.
Lehrveranstaltungen Master Bioinformatics
Analysis of Cellular Networks (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, N Omranian)
Termin: Mo. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.14.3.02 (V/Ü)
Introduction to Theoretical Systems Biology (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (W Huisinga, D Seeler)
Termin/Ort: Mi. 08:15-09:45 Uhr, 2.28.0.104 (V)
Mo. 14:15-15:45 Uhr, 2.14.3.02 (Ü)
Programming Expertise (6 LP, mandatory bridge module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, C Kappel)
Termin: Do. 08:15-11:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 (V) / 2.25.D0.01 (Ü)
Structural Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Walther)
Termin: Di. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 (V) / 2.25.D0.01 (Ü)
Data Integration in Cellular Networks (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, Z Razaghi-Moghadam)
Termin: Do. 12:15-15:45 Uhr
Ort: 2.14.3.02 (V/Ü)
Machine Learning in Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (D Groth, D Walther)
Termin: Mi. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 und D0.01 (V/Ü)
Lehrveranstaltungen Master Biochemistry and Molecular Biology
Practical Bioinformatics (6 LP)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, P Wendering)
Termin: Do. 14:15-16:30 Uhr
Ort: 2.25.F0.01 (V), CIP-Pools H25 (Ü)
Programming with R (3 LP, bzw. 6 LP mit Projektarbeit)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester) , PhD-Students IBB
Modulteile: V/Ü (D. Groth)
Termin/Ort: September 2021, 21.9.-23.9 und 28.9.-29.9. (Zoom)
Kurs für Masterstudenten Biochemie und Molekularbiologie sowie für Doktoranden und Postdocs des IBB. Informationen: dgroth(at)uni-potsdam(punkt)de, bzw. Telefon: +49(0)0331-977 2706
Wintersemester 2020/2021
Zeit- und Raumangaben unter Vorbehalt.
Einschreibungen über PULS: 01.10.2020 bis 15.11.2020
Für einige Lehrveranstaltungen benötigen Sie eine Nutzerberechtigung für die Computer Pools in Haus 25.
Informationen zu den Pools und Link zum Antragsformular für einen Pool-Account
Die Lehrveranstaltungen werden auf dem E-Learning-Server der Universität begleitet. der Zugang dazu erfolgt mit Hilfe des E-Mail Accounts der Universität.
Algorithmic and Mathematical Bioinformatics (6 LP)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (Z Nikoloski)
Termine: Mo. 10:15-13:45
Ort: Online
Introduction to databases and practical programming (6 LP)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) , MBINFO 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Seminar (D. Groth)
Termine: Di. 10:15-13:45 (D. Groth)
Ort: Online
Statistical Bioinformatics (6 LP)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (D Groth, D Walther)
Termine: Mi. 10:15-13:45
Ort: Online
Quantitative Genetics (6 LP)
Zielgruppe: MSBIS 2. Studienjahr (3. Semester)
Modulteile: Vorlesung und Übung (M Lenhard, Z Nikoloski)
Termine: Mi. 12:15-15:45
Ort: Online
Constraint-based Modeling of Cellular Networks (6 LP)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (1. Semester) und MBINFO 2. Studienjahr (3. Semester)
Vorlesung: Constraint-based Modeling of Cellular Networks
Modulteile: Vorlesung und Übung (R Moghadam, Z. Nikoloski)
Termine/Ort: Vorlesung: Di. 10:15-11:45 Uhr (Online)
Übung: Do. 12:15-13:45 (Online)
Sommersemester 2020
All Lectures were switched to online courses using Zoom!
(Zeit- und Raumangaben unter Vorbehalt)
Für alle Lehrveranstaltungen benötigen Sie eine Nutzerberechtigung für die Computer Pools in Haus 25.
Antragsformular: http://www.chem.uni-potsdam.de/pools/Studierende/studierende.html
Die Lehrveranstaltungen werden auf dem E-Learning-Server der Universität begleitet.
Lehrveranstaltungen Master Bioinformatics
Analysis of Cellular Networks (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, N Omranian)
Termin: Mo. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.14.3.02 (V/Ü)
Introduction to Theoretical Systems Biology (6 LP, mandatory module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (W Huisinga, D Seeler)
Termin/Ort: Mi. 08:15-09:45 Uhr, 2.28.0.104 (V)
Mo. 14:15-15:45 Uhr, 2.14.3.02 (Ü)
Programming Expertise (6 LP, mandatory bridge module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, C Kappel)
Termin: Do. 08:15-11:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 (V) / 2.25.D0.01 (Ü)
Structural Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Walther)
Termin: Di. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 (V) / 2.25.D0.01 (Ü)
Data Integration in Cellular Networks (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (Z Nikoloski, Z Razaghi-Moghadam)
Termin: Do. 12:15-15:45 Uhr
Ort: 2.14.3.02 (V/Ü)
Machine Learning in Bioinformatics (6 LP, elective module)
Zielgruppe: MSBIS 2. + 4. Semester
Modulteile: V/Ü (D Groth, D Walther)
Termin: Mi. 10:15-13:45 Uhr
Ort: 2.25.B0.01 und D0.01 (V/Ü)
Lehrveranstaltungen Master Biochemistry and Molecular Biology
Practical Bioinformatics (6 LP)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester)
Modulteile: V/Ü (D Groth, P Wendering)
Termin: Do. 14:15-16:30 Uhr
Ort: 2.25.F0.01 (V), CIP-Pools H25 (Ü)
Programming with R (3 LP, bzw. 6 LP mit Projektarbeit)
Zielgruppe: MSBAM 1. Studienjahr (2. Semester) , PhD-Students IBB
Modulteile: V/Ü (D. Groth)
Termin/Ort: 1x5 Tage in 2 Wochen im September 2020
21.-25.09.2020 (V/Ü) 2.14.3.02
Kurs für Masterstudenten Biochemie und Molekularbiologie sowie für Doktoranden und Postdocs des IBB. Informationen: dgroth(at)uni-potsdam(punkt)de, bzw. Telefon: +49(0)0331-977 2706