Molecular Modeling

Forschungsschwerpunkte

  • Proteinstrukturen, Art der Membranbindung, Simulation ihrer Funktion, Posttranslationale Proteinmodifikation
  • Homologie-Modellierung von Proteinen (GPCR, Transportproteine)
  • Computer-gestütze Protein-/Peptidmodifikationen; Design von funktionell wichtigen Mutationen
  • Reaktivität von Methyltransferasen (COMT); Vitamin D; Sphingosine; TETs; Transthyretin

Methoden

  • Molekulare Dynamik in und ohne Lösungsmitteln (auch in Biomembranen)
  • Gerichtete Molekül-Dynamik-Berechnungen (SMD)
  • Sequenz-basierende Protein-Struktur-Bestimmung und “Threading”
  • Molekulares Docking und Aktivitätsuntersuchungen (Docking in flexiblen Proteinen “inducted fit” und kovalentes docken)
  • Quanten-chemische Berechnungen; QM/MM Berechnungen

Ressourcen

  • Software: Molecular Operating Environment (MOE); Gaussian 09; Yasara und verschiedene frei verfügbare Software
  • Hardware: Hochleistungsrechner mit Xenon Mehr-Kern-Prozessoren

 

Ansprechpartner: Dr. Thomas Homann